Hipóteses científicas sugerem uma circulação viral de milhares de anos, uma vez que os hantavírus são primariamente vírus de roedores e cada um deles, na maioria das vezes, está associado a uma única espécie de roedor (com exceção, por exemplo, dos genótipos Andes e Oran, associados ao roedor da espécie Oligoryzomys longicaudatus e do genótipo Seoul, associado às espécies Rattus rattus e Rattus norvegicus. A existência de altos níveis de concordância entre o reservatório e a filogenia do hantavírus reforça a teoria de uma coevolução de longo tempo, uma vez que os roedores vivem há, pelo menos, 20 milhões de anos nas Américas.

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